Основан 11 января 1889 года великой княгиней Александрой Петровной Романовой (в девичестве Александра-Фредерика-Вильгельмина Ольденбургская, в иночестве — АнастасияВ течение примерно 20 лет (1889—1911) на территории монастыря было построено около 30 зданий — церкви, церковно-приходская школа с общежитием, корпуса для сестёр, золотошвейные и иконописные мастерские, гостиница. В том числе были построены и лечебные учреждения — бесплатная больница с терапевтическим и хирургическим отделениями, приют для слепых и немощных, амбулатория, аптека с бесплатным отпуском лекарств.. За первое десятилетие работы (1893—1903 годы) больницей воспользовалось 5020 больных, бесплатно выдано более пяти миллионов лекарств, в хирургическом отделении сделано 2298 операций.Проектированием и строительством монастыря занимался Владимир Николаевич Николаев (1847—1911), епархиальный архитектор Киева (позже архитектор Киево-Печерской лавры).В 1943—1945 году на территории монастыря работал госпиталь, в 1945—1948 — лазарет. Комитет по ремонту сильно пострадавшего Никольского собора монастыря возглавила родная сестра Патриарха Алексия (Симанского) монахиня Евфросиния (Погожева); внутренний ремонт собора был завершён к маю 1949 года, когда был освящён главный престол в честь Николая Чудотворца. Однако снаружи он оставался обезглавленным, каким стал при закрытии монастыря: снесённые в 1920-х годах купола собора коммунистические власти восстановить не позволили. Свой первоначальный вид собор обрёл только в 2006—2010 году.